Leonhard Möckl studierte Chemie und Biochemie an der LMU München. Er promovierte 2015 mit einer Arbeit über die Rolle der Glycocalyx in der Organisation von Membranproteinen. Im Jahr 2016 wechselte er in das Labor von W.E. Moerner an der Stanford University, wo er Einzelmolekültechniken zur Untersuchung der Glycocalyx einsetzte und darüber hinaus Deep-Learning-basierte Ansätze für Einzelmolekülstudien entwickelte. Im Jahr 2020 wurde unabhängiger Gruppenleiter am MPL. Seit 2024 hat er die Professur für Nano-optische Bildgebung an der FAU inne, die am neu gegründeten CITABLE angesiedelt ist.
In seiner Freizeit liest er, spielt Klavier, wandert oder spielt Volleyball.